Preparaty do dezynfekcji dostępne w aptece stosuje się do niszczenia lub inaktywacji drobnoustrojów na skórze, błonach śluzowych lub powierzchniach, a ich wybór zależy od miejsca i celu użycia.
Najszerszą grupę stanowią środki na bazie alkoholu etylowego lub izopropylowego w stężeniu zwykle od 60 do 80%, które szybko i skutecznie zabijają bakterie, wirusy i grzyby, a dostępne są w formie płynów, żeli czy sprayów do rąk. Działają one błyskawicznie, nie wymagają spłukiwania, ale mogą wysuszać skórę, dlatego często łączy się je z substancjami nawilżającymi. Do odkażania ran często stosuje się preparaty zawierające oktenidynę, która ma szerokie spektrum działania, jest łagodna dla tkanek i nadaje się również dla dzieci oraz osób z wrażliwą skórą, a występuje w płynach i żelach. Kolejną grupą są środki na bazie chlorheksydyny, które działają przeciwbakteryjnie i przeciwgrzybiczo, a stosuje się je zarówno do dezynfekcji skóry przed zabiegami, jak i w płukankach do jamy ustnej czy preparatach do higieny intymnej. Popularne są także preparaty z jodopowidonem, który uwalnia jod o silnym działaniu przeciwbakteryjnym, przeciwwirusowym i przeciwgrzybiczym, szczególnie użyteczne w odkażaniu ran i skóry przed zabiegami chirurgicznymi, choć mogą powodować przebarwienia skóry i są przeciwwskazane u osób z niektórymi chorobami tarczycy. Do dezynfekcji ran i błon śluzowych stosuje się też łagodne roztwory nadtlenku wodoru, które mechanicznie oczyszczają uszkodzoną powierzchnię, uwalniając tlen i usuwając zanieczyszczenia, jednak przy dłuższym stosowaniu mogą opóźniać gojenie. W aptekach dostępne są również preparaty związków srebra, które wykazują działanie przeciwbakteryjne i wspomagają gojenie ran przewlekłych, a także środki na bazie kwasu borowego lub nadmanganianu potasu stosowane w formie rozcieńczonych roztworów do przemywań. Wybierając preparat do dezynfekcji, należy brać pod uwagę jego przeznaczenie, bezpieczeństwo stosowania w danym miejscu ciała oraz możliwość wystąpienia reakcji alergicznych, a także pamiętać, że nie wszystkie środki nadają się do ran głębokich czy błon śluzowych.